La Tierra es devastada por un cataclismo sin precedentes provocado por el “Gigante Negro” Armaros y la Lanza de Longinus… Todo formaba parte de un “reinicio” para un nuevo «Plan de Complementación Humana».
En el “Valle de los Cuerpos” en el norte de África, Shinji desafía a Armaros, pero es derrotado tras serle arrebatado su propio “corazón”. El Super Evangelion y la Unidad 02 se fusionan, y Asuka, convertida en el gigante rojo “Crimson A1”, logra regresar. Mientras tanto, Rei Ayanami (Rei “Torre”) y Kaworu, ambos atormentados por dudas sobre su propia existencia…
La humanidad intenta lanzar una ofensiva a gran escala para enfrentarse a Armaros y sus subordinados, pero ¿podrá esa flecha alcanzar un poder comparable al de un dios?
Una historia que presenta otra posible línea de “Evangelion”, divergente desde el episodio 24 del anime de televisión, y que llega aquí tras diez años.
